Hace 22 años tuvo lugar la operación policial contra el único periódico del mundo que en aquel momento se publicaba en euskera. Siguiendo la orden del juez de la Audiencia Nacional española Juan del Olmo, el 20 de febrero de 2003 la Guardia Civil se presentó en la sede principal de Euskaldunon Egunkaria, en Andoain (Gipuzkoa), para cerrarlo, argumentando que “el medio tenía vínculos con ETA”. Como parte del operativo de cierre, la Guardia Civil detuvo a diez responsables del periódico: Fermin Lazkano, Inma Gomila, Iñaki Uria, Joan Mari Torrealdai, Luis Goia, Martxelo Otamendi, Pello Zubiria, Txema Auzmendi, Xabier Alegria y Xabier Oleaga.
Varios de ellos denunciaron haber sufrido torturas durante su detención. Otamendi informó de que los trataron “como ratas”; le pusieron una bolsa en la cabeza para torturarlo y, entre otros, Torrealdai fue golpeado. Tras pasar cinco días incomunicados bajo custodia de la Guardia Civil, el juez ordenó el ingreso en prisión sin fianza de cinco de los detenidos: Alegria, Auzmendi, Oleaga, Torrealdai y Uria. A Zubiria le prolongaron la incomunicación durante 72 horas más, mientras que Goia, Gomila, Lazkano y Otamendi fueron puestos en libertad bajo fianza.
En medio de la operación contra Euskaldunon Egunkaria, el 22 de febrero de 2003 tuvo lugar una multitudinaria movilización en Donostia (Gipuzkoa), en la que decenas de miles de personas salieron a la calle bajo el lema Egunkaria aurrera. Bai euskarari (Adelante Egunkaria. Sí al euskera), en protesta contra el cierre y la operación policial. Poco después, se publicó el periódico Egunero en euskera, y en junio de 2003 se puso en marcha Berria.
Ese mismo año, en otoño, el 16 de octubre de 2003, la Guardia Civil llevó a cabo otra operación contra el grupo empresarial de Egunkaria, también por orden del mismo juez. En esa ocasión, fueron detenidas ocho personas: Angel Diez, Armando Hernández, Joanmari Larrarte, Joxe Mari Sors, Mikel Arrizabalaga, Mikel Azkune, Mikel Sorozabal y Xabier Legarra. Cuatro días después, el 20 de octubre, también fue detenido e incomunicado el abogado del grupo, Eneko Etxeberria. Para el 21 de octubre, todos habían sido puestos en libertad.
El juicio en la Audiencia Nacional en 2009
En noviembre de 2004, Juan del Olmo procesó a Alegria, Auzmendi, Otamendi, Oleaga, Torrealdai, Uria y Zubiria, además de Joxemi Zumalabe, quien ya había fallecido. En 2006, la Fiscalía solicitó el archivo del caso por falta de pruebas que vincularan Egunkaria con ETA, pero la acusación particular insistió en continuar con el proceso. En marzo de 2007, se imputó a tres ex trabajadores del periódico y se les citó a declarar. Finalmente, en noviembre de 2007, el juez decidió proceder al juicio mediante el procedimiento abreviado.
Tras las declaraciones de Auzmendi, Torrealdai y Uria, el juez Eloy Velasco decidió en mayo de 2009 seguir adelante con el caso, y el 15 de diciembre de ese año comenzó el juicio principal en Madrid (no el relacionado con el ámbito económico). Cinco personas se sentaron en el banquillo de los acusados: Auzmendi, Oleaga, Otamendi, Torrealdai y Uria. En abril de 2010, el tribunal emitió su sentencia, absolviendo a los cinco procesados por falta de pruebas en su contra.
En cuanto al proceso judicial sobre el caso económico, en mayo de 2010 el juez José María Vázquez Honrubia, de la Audiencia Nacional, decidió trasladarlo al Juzgado Penal de Donostia (Gipuzkoa). Dado que en la causa principal se dictó una absolución, Vázquez Honrubia concluyó que no existía “delito de terrorismo” y que, en todo caso, solo se podría juzgar como un presunto fraude fiscal. Además, en 2012 el Tribunal Europeo de Derechos Humanos condenó al Estado español por no haber investigado adecuadamente las torturas denunciadas por Otamendi.